Mission

Next Generation Sequenzierung (NGS) und die bioinformatische Auswertung von Einzelzell- Transkriptom Daten (SCRNA), Whole Exome Sequenzierungen (WES), Genom-(WGS) und Metagenomsequenzierungen (MGS) zur Erforschung der Tumor Plastizität und der entsprechenden „Tumorumgebung“, die sich aus Immunzellen, Blutgefäßen und assoziierte Mikroben zusammensetzt.

Forschung

Krebszellen verändern nicht nur durch Mutationen ihr Gen Expressionsprofil und Ihre Differenzierung im Zellverband, sondern beeinflussen auch ihre Umgebung im Stroma (Immunzellen und Blutgefäße), sowie die mikrobielle Besiedelung (Metagenom).  Von unserer Arbeitsgruppe werden klinische Proben von non Lungenkarzinomen (NSCLC), Kolorectalkarzinomen (CRC) und Pankreaskarzinomen (PDAC) mittels Einzelzellanalysen untersucht (scRNA-Sequnzierungen) und bioinformatisch ausgewertet.  Zudem werden aus hochauflösendem Tumor bzw. Normaldaten die Mutationslast „Tumor-Mutation-Burden“, auch als TMB bezeichnet, die Mikrosatelliteninstabilität (MSI) und die Homologe-Rekombinationsdefizienz (HRD), beides Parameter für das Fehlen von DNA-Reparaturmechanismen berechnet. 

Ein weites spannendes Projekt befasst sich mit der mikrobiellen Besiedelung von Tumoren und dem Ansprechen auf neue Immuntherapien. Hierzu werden sämtliche Mikroben und Viren im Gewebe mittels NGS – Metagenom-Analysen erfasst und bioinformatisch ausgewertet.

Forschungsmitglieder

Gerold Untergasser, PD. PhD

Projektleiter

Agnieszka Martowicz, PhD

Datenanalystin

Wir helfen mit, die molekularen
Ursachen der Krebsentstehung zu verstehen.

Veröffentlichungen

Ausgewählte Publikationen

  • Borjan, B., Kern, J., Steiner, N., Gunsilius, E., Wolf, D. & Untergasser, G. Spliced XBP1Levels Determine Sensitivity of Multiple Myeloma Cells to Proteasome Inhibitor Bortezomib Independent of the Unfolded Protein Response Mediator GRP78. Frontiers in oncology, 22;9:1530. (2020).
  • Steiner, N., Jöhrer, K., Plewan, S., Brunner-Véber, A., Göbel, G., Nachbaur, D., Wolf, D., Gunsilius, E. & Untergasser, G. The FMS like Tyrosine Kinase 3 (FLT3) Is Overexpressed in a Subgroup of Multiple Myeloma Patients with Inferior Prognosis. Cancers, 19;12(9):2341. (2020).
  • Pichler, R., Lindner, A. K., Compérat, E., Obrist, P., Schäfer, G., Todenhöfer, T.,Horninger, W., Culig, Z. & Untergasser, G. Amplification of 7p12 Is Associated with Pathologic Nonresponse to Neoadjuvant Chemotherapy in Muscle-Invasive Bladder Cancer. Am J Pathol, 190(2):442-452. (2020).
  • Kocher. F,, Puccini, A., Untergasser, G., Martowicz, A., Zimmer, K., Pircher, A., Baca, Y., Xiu, J., Haybaeck, J., Tymoszuk, P., Goldberg, R. M., Petrillo, A., Shields, A. F., Salem, M. E., Marshall, J. L., Hall, M., Korn, W. M., Nabhan, C., Battaglin, F., Lenz, H. J., Lou, E., Choo, S. P., Toh, C. K., Gasteiger, S., Pichler, R., Wolf, D. & Seeber, A. Multi-omic Characterization of Pancreatic Ductal Adenocarcinoma Relates CXCR4 mRNA Expression Levels to Potential Clinical Targets. Clin. Cancer Res., 14;28(22):4957-4967. (2022).

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